对免疫组织化学染色结果的判断应持科学的慎重态度，要准确判断阳性和阴性，排除假阳性和假阴性结果，必须严格对照实验，对新发现的阳性结果，除有对照试验结果之外，应进行多次重复试验，最好用几种其它方法进行验证，如用 SP法阳性，可再用ABC法、PCR等验证。必须学会判断特异性染色和非特异性染色，这对初学者更为重要，否则会得出不科学的结论。特异性染色与非特异性染色的鉴别点主要在于特异性反应产物常分布于特定的部位，如细胞质、细胞核和细胞表面，即具有结构性。特异性染色表现为在同一切片上呈现不同程度的阳性染色结果，非特异性染色表现为无一定的分布规律，常为某一部位成片的均匀着色，细胞和周围的结缔组织均无区别的着色，或结缔组织呈现很强的染色，非特异性染色常出现在干燥切片的边缘，有刀痕或组织折叠的部位。在过大的组织块，中心固定不良也会导致非特异性染色，有时可见非特异性染色和特异性染色同时存在，由于过强的非特异性染色背景不但影响对特异性染色结果的观察记录，而且令人对其特异性结果产生怀疑。
2、阳性细胞的染色特征
免疫组织化学的呈色深浅可反映抗原存在的数量，可作为定性、定位和定量的依据。
（1）阳性细胞染色分布有三种类型：①细胞质；②细胞核；③细胞膜表面。大部分抗原见于细胞质，可见于整个胞质或部分胞质。
（2）阳性细胞分布可分为散在、灶性和弥漫性。
（3）由于细胞内抗原含量不同，所以染色强度不一。如果细胞之间染色强度相同，常提示其反应为非特异性。
（4）阳性染色定位于细胞，且阳性与阴性细胞相互交杂分布；而非特异性染色常不限于单个细胞，而是累及一片细胞。
（5）若仅在切片边缘、刀痕或皱折区域，坏死或挤压的细胞区，胶原结缔组织等部位呈现阳性反应，且表现为相同的阳性染色强度，不能判为阳性。
