使用抗微生物制剂的风险

　　对宿主的直接毒性

　　使用抗微生物制剂可能伤害宿主的各种器官或组织，例如肾脏、神经系统、肝脏、造血器官和关节软骨等。使用抗微生物制剂前必须考虑宿主的情况。如动物有器官的疾病时，不宜使用或至少不要使用伤害该器官的抗微生物制剂。

　　超级感染

　　使用抗微生物制剂的结果，可能杀害某些重要的宿主微生物族群。正常微生物族群的生态平衡一旦受到破坏，原受到制衡的其它微生物族群，能大量增殖而可能引起并发症。此现象称为超级感染。超级感染的微生物族群可能为细菌，也可能为霉菌。对于抗微生物制剂可能原就具有抗药性，也可能在抗微生物制剂治疗过程中获得抗药性。广效性抗生素较易引起超级感染。

　　抗药性的筛选压力

　　具抗药性的人畜共患病原菌，或动物病原菌，都可能将抗药性基因传播至人体病原菌而引起感染。动物使用抗微生物制剂引起的筛选压力，造成人体和动物感染治疗的严重问题。

　　畜产品药物残留

　　肉猪、肉鸡如果一旦使用药物，必须配合停药期而延后上市日期。蛋鸡则可能面临降低孵化率的情况，或停药期间必须销毁所生产的鸡蛋等问题。

　　如上所述，使用抗微生物制剂是带有相当的风险的，经过这些一般性及风险考虑后，可能会打消使用抗微生物制剂的念头。但如果仍然真的认为需要使用抗微生物制剂，则应严格使用。