随着我国经济、政治、文化、社会建设和生态文明建设走向更高的起点上，世情、国情、农情将继续发生深刻变化，兽医卫生工作处于新的发展环境，但想要更好的发展还需面对多重挑战。
一是动物疫病防控形势并不乐观
重大动物疫病仍在部分区域流行，主要人畜共患病流行范围呈扩大态势，外来动物疫病传入风险持续存在。养殖规模化程度较低、活畜禽长途调运、现宰现食等养殖、流通和消费方式严重制约动物疫病防治水平的提升。
二是动物产品质量安全风险管理难度加大
从养殖到屠宰链条长、环节多，以药物残留为代表的化学性风险和以人畜共患病为代表的生物性风险并存，难防范、难管理。
三是兽药行业小散乱差现象同时存在
企业数量多、规模小，创新能力不强，产业集中度低、产能利用不足、产品同质化严重。假冒伪劣与生产经营使用不规范问题交织，市场秩序需进一步规范。
四是屠宰行业转型升级任重道远
规模以上屠宰企业仅占20%。行业产能严重过剩，多数屠宰企业实际屠宰量远低于设计能力。收费代宰现象普遍。私屠滥宰、屠宰病死猪、注水、注入瘦肉精等违法行为严重干扰正常市场秩序，危害动物源性食品安全。
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