在临床上，温和性流感和新城疫病的区别最为困难，特别是混合感染后难以控制。因为这两个病的治疗方法是完全不同的，一旦误诊，延误了最佳治疗时机，死亡就很难控制，尤其是肉仔鸡。
临床上不同表现形式
（1）临床上，新城疫育成鸡最开始突然出现几只死亡，紧接着出现呼吸道症状，咳嗽，呼吸困难，体温升高，2—3天后，一部分鸡出现神经症状，头颈震颤、哆嗦、点头、瘫腿消瘦，死亡增多。
新城疫不肿头，流感肿头。流感通常呈现体温升高、精神沉郁、饮食减少，咳嗽、喷嚏、啰音、呼吸困难，流泪、羽毛松乱、身体蜷缩、头和面部水肿、皮肤发绀(冠和肉髯)。新城疫以湿性咳嗽为主，流感则呼噜流泪为主，流感引起流鼻涕而新城疫则没有。
新城疫多死消瘦鸡，趴着死;流感多死胖鸡，仰着死(气管内有黄色干络物堵塞，肺表面有黄色干络物附着，也会出现部分瘦鸡死亡，包心包肝，气囊很厚，花斑肾)，有肿头肿脸的情况出现，有尖叫，有咳嗽、呼噜等现象;流感可引起腿部鳞片出血，新城疫则没有。
温和性流感，初期只是拉稀，中后期拉黄，绿或黄绿融合的粪便;后期有的拉橘黄色稀粪，这个特点很重要。新城疫嗉囊炎症很重，倒提腔有粘液流出，并且有酸臭味，而流感没有。流感发病快，治愈后短时间容易复发，新城疫治愈后产生免疫一般不复发。
（2）解剖变化鉴别
无论是新城疫还是温和性流感，胸腺都会出现出血点;新城疫病引起的变化只是在前1-4对胸腺，H7温和性流感引起的一般是先出现在下几对胸腺的出血或肿大，初期一般是靠下胸腺先有出血点和肿大的。产蛋鸡就不要看胸腺了，因为它已经在性成熟时已经基本退化了(60-80日龄左右鸡胸腺最大，以后逐渐萎缩)。
盲肠扁桃体的变化。新城疫病鸡盲肠扁桃体绝对要出现严重的出血肿大变化;如果是H7温和性流感，有部分引起盲肠扁桃体严重出血，有部分出血不严重，有很大部分就不引起盲肠扁桃体出血。
肠道淋巴细胞变化了
(1)鸡淋巴结一般在十二指肠下段，呈条状不规则的岛屿状(2-3厘米长)，不出现新城疫或流感时候，是白色呈隐性存在，不出现明显的岛屿。无论是新城疫病或温和性流感出现后，岛屿明显出现，上面有1个以上的明显的出血点;如果是温和性流感更多表现的是弥散性出血，新城疫不多见。
(2)卵黄蒂后2-6厘米内，有淋巴弧结存在，正常也是隐形的;一般只有新城疫病这里的变化才出现，流感一般或根本就不出现。主要表现是半个黄豆大小的弧结，典型或非典型新城疫，只出现隆起，上面有1个或多个出血点或整个出血;强毒新城疫则出现严重溃疡，并覆着有黏性绿色物质。死亡严重的温和性流感，也偶尔出现白色轮廓显现。请注意。
(3)回肠淋巴弧结的变化。这个变化温和性流感表现也是和卵黄蒂后的变化是一样的，新城疫也出现和卵黄蒂后一致的变化。
(4)盲肠细段。温和性流感这里不出现变化或不出现弥散出血点，而新城疫病则表现，是出现1个或多个米粒样的突起并出血，有小米大小，有大米大小的;根据鸡的年龄，病症的严重程度，与它出血的严重程度，或大小有关。望细心斟酌。强调一下，直肠黏膜的变化不作为诊断ND或AI的诊断依据，临床可以忽略。直肠黏膜一般是点状密密麻麻的出血点(常见肾支)，和条状出血(见新城疫)。
(5)H7温和性流感也可以出现纤维素性腹膜炎，呈黄色。蛋鸡前期也只是出现纤维素性腹膜炎，后期才出现卵黄性腹膜炎。然而新城疫病基本不出现腹膜炎，后期有可能出现轻微的卵黄性腹膜炎。
(6)气管支气管和肺脏，气囊的变化。新城疫主要喉头软骨有针尖状出血点，气管环出血，充血不严重，而禽流感则整个气管出血严重，并且粘液多，气管内有黄色干络物堵塞，肺表面有黄色干络物附着，也会出现部分瘦鸡死亡，包心包肝，气囊很厚，肾肿，花斑肾。
(7)腺胃乳头的变化。新城疫一般是乳头尖部出血，而温和性流感一般多见乳头基部出血，也有中个乳头出血的，有的出现整个腺胃黏膜发红，出血等。
(8)流感可引起颈部皮下脂肪，腹部脂肪出血心冠脂肪出血，新城疫则一般没有。流感可引起脾脏肿胀并有白色坏死点而新城疫一般没有。
(9)新城疫可以引起法氏囊内有粘液和针尖状出血点;流感则引起法氏囊肿胀且有粘液和出血，流感可引起腿肌和胸肌的出血，而新城疫则没有。此时要和法氏囊病区别开，否则注射法氏囊抗体易引起大批死亡。
临床上流感以肿头肿脸为主的，新城疫没有，注意与下面几种病变区别
(1)和鼻炎的区别。H9温和性流感引起的肿头肿脸，外观是硬肿，苍白色的部位变化，一般肉垂不单独肿胀或不肿胀。然而鼻炎引起的是淡红色的浮肿，用手压迫有破动感或柔软感，并同时出现肉垂肿胀;有的人说流感肉垂也肿胀啊，我说那是流感引起的肉垂基部硬肿出现的肉垂撅翘。另外鼻炎肯定要出现鼻孔结痂，流鼻涕等现象的，相信大家不难鉴别。
(2)肿头型大肠杆菌病的鉴别。肿头型大肠杆菌病，出现的肿胀和温和性流感是一模一样，但是肿头型大肠杆菌病，不引起呼吸道异常，即使存在，也是0.1%的比例。也不引起流鼻涕，但是大群内不出现变化的鸡仍然是大吃大喝，产蛋率好，蛋的颜色好;发现患鸡只要不注射相应的抗大肠杆菌的药，发现一个死一个，只有患鸡拉的是白色占地面积较大的稀便。这种鸡只要混合注射安卞青霉素和庆大霉素，2次就有明显效果(一般青霉素不能和庆大霉素混合注射的，那样降低疗效)。大群投高档的抗大肠杆菌药，很快控制鸡群。
解剖变化与临床区别
在解剖变化上H9温和性流感有以上H7的变化外，同时出血严重的败血型大肠杆菌变化，心脏，肝脏，腹膜出现严重的纤维素包裹，其实这不是大肠杆菌病引起的。那为什么要配合大肠杆菌药物治疗呢?我认为是，这已经形成了内脏严重的炎性变化，所以必须有抗菌药的协助治疗。
那么，如何和败血型大杆鉴别，只有一个表现，就是流感引起的“三炎”不臭，大肠杆菌引起的有臭感。如果发现有这变化，首先仔细检查鸡群内有一只或多只肿头脸鸡没有;再次，检查有没有明显的呼吸道症状，都有的话那就温和性流感定了。
另外H9温和性流感颈部皮下有条状纤维素样病变;流感能引起肾脏有发红肿胀，有轻微尿酸盐沉积在输尿管。新城疫是不出现这变化的。肠道内流感引起的1个或多个像小米粒大小的出血点，和球虫引起的很象，但是本病引起的用剪刀刮，有明显渗血的感觉，新城疫是没有的。
混感
新城疫一般与传支、慢呼、法氏囊、球虫、大肠杆菌混合感染，禽流感一般只与大肠杆菌混感，加重病情，引起大量死亡。
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