除了净化和免疫之外，控制禽支原体感染的主要途径就是抗生素用药。抗生素用药可以降低临床症状、减少损失和垂直感染。
使用的抗生素主要包括两大类：
一类是蛋白质合成抑制剂(抑菌)，包括大环内酯类、林可酰胺类、四环素类、氨基糖苷类、截短侧耳素、苯丙醇（氯霉素类）。
另一类是核酸合成抑制剂(杀菌)，氟喹诺酮类。抗生素用药的缺点是保护时间短，且不能完全清除动物体内的禽支原体。
由于支原体的分离培养需要2-5周，支原体的CCU测定需要2周，MIC的检测需要3-8天，因此支原体的MIC测定是一个耗时的过程。MIC50即能抑制50%受试菌生长的最低药物浓度。它反映了一种抗菌药物对特定细菌群体的中等抗菌活性水平。
MIC90是能抑制90%受试菌生长的最低药物浓度。它代表了一种抗菌药物对大部分细菌的强效抗菌能力。MIC90值可以为临床确定抗菌药物的治疗剂量范围提供参考。另外，定期进行抗菌药物敏感性测试并分析MIC90值的变化，可以及时发现耐药菌株的出现，为制定合理的抗菌药物使用策略和防控措施提供依据。MIC检测时因观测时间点不同可分为初始MIC和终末MIC。
用药敏试验进行例行监测，从较大的群体在宽泛的时间范围内收集地区性分离株以判断流行株的耐药性趋势变化，确定敏感适用的药物。但需要注意的是，体外药敏试验结果不能代表药物在体内的杀菌/抑菌效果。其他机制可能会干扰抗生素的敏感性，比如病原对药物的泵出机制、药物失活、病原生物膜的形成。
支原体的耐药性包括天然/内源性耐药性和获得性耐药性。
支原体没有细胞壁，因此抑制细胞壁合成的抗生素（β-内酰胺类、氨基糖苷类、磷霉素）对支原体无作用。支原体的rpoB基因突变使得其对利福平天然耐药。支原体缺少多种代谢途径，导致多粘菌素、磺胺类、第一代喹诺酮类（如萘啶酸和甲氧苄氨嘧啶）对支原体无效。MS的23S rRNA基因突变使得其对14种大环内酯类抗生素（如红霉素）内源性耐药。支原体可以通过泵出机制，降低其体内的抗生素浓度。支原体可以形成生物膜，膜表面的多糖蛋白复合物可以阻止抗生素的进入。
不同支原体和同一种支原体的不同分离株的生物膜产生能力不同。且有些支原体的生物膜与耐药性之间没有关联。支原体通过抗生素的靶点变异或者靶点修饰产生对大环内酯类、林可酰胺类、截短侧耳素类、氟喹诺酮类抗生素的耐药性，也通过水平基因转移获得耐药基因。
目前MG流行株对氟喹诺酮类、大环内酯类、林可霉素和壮观霉素的敏感性降低，对土霉素出现耐药性，对截短侧耳素类保持着体外敏感性。恩诺沙星、土霉素和泰乐菌素对绝大多数地区的耐药菌株的抗菌效力都最低。
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